利用加权系综方法研究单个 Arg9 肽跨 DOPC/DOPG(4:1) 模型膜的易位
生物大分子
2023-01-27 v2 软凝聚态物质
生物物理
摘要
在全原子分子动力学（MD）模拟中，很难在短时间尺度（例如几百纳秒）内观察到细胞穿透肽（CPPs）的自发易位，因为通常 CPPs 的易位所需时间约为分钟量级。本工作中，我们报道了利用加权系综（WE）方法在几十纳秒量级内单个 Arg（R9）跨 DOPC/DOPG(4:1) 模型膜的自发易位。我们明确了水分子与 Arg 的取向如何在易位中发挥作用。我们也展示了脂质分子如何随 Arg 一同转运。此外，我们利用伞形采样给出了跨膜易位的自由能剖面，并表明单个 Arg 易位在能量上是不利的。我们期望 WE 方法有助于在 MD 模拟方法中研究 CPPs 与各种模型膜的相互作用。
引用
@article{arxiv.2206.14552,
title = {Translocation of a single Arg9 peptide across a DOPC/DOPG(4:1) model membrane using the weighted ensemble method},
author = {Seungho Choe},
journal= {arXiv preprint arXiv:2206.14552},
year = {2023}
}
备注
8 pages, 6 figures with Supplementary Information