利用轨迹加权系综同时计算动力学与平衡态信息
生物物理
2014-07-08 v2
摘要
平衡态在形式上可以表示为一系列进行无偏动力学且保持细致平衡的解耦系统系综。许多非平衡过程可以通过平衡系综的适当子集来描述。在此，我们采用“加权系综”(WE) 模拟方案 [Huber and Kim, Biophys. J., 1996] 来生成平衡轨迹系综，并提取非平衡子集以计算动力学量。状态无需预先选定。该过程在形式上允许估计模拟后选定的任意状态之间的动力学速率及其平衡布居。我们还描述了一种相关的历史依赖矩阵过程，用于在相空间被划分为任意非马尔可夫区域时（无论是在 WE 还是普通模拟中）估计平衡和非平衡可观测量。在这项原理验证研究中，这些方法成功应用于并验证了两个分子系统：显式溶剂化甲烷结合和隐式溶剂化 Ala4 肽。我们评论了 WE 计算中剩余的挑战。
引用
@article{arxiv.1210.3094,
title = {Simultaneous computation of dynamical and equilibrium information using a weighted ensemble of trajectories},
author = {Ernesto Suarez and Steven Lettieri and Matthew C. Zwier and Carsen A. Stringer and Sundar Raman Subramanian and Lillian T. Chong and Daniel M. Zuckerman},
journal= {arXiv preprint arXiv:1210.3094},
year = {2014}
}