用于平衡与非平衡可观测量估计的迭代轨迹重加权
计算物理
2020-06-18 v1 定量方法
统计计算
摘要
我们提出两种算法，通过迭代重加权一组短的、无偏的轨迹来获得各种可观测量。第一种算法基于各状态中的平均概率迭代重加权轨迹，估计系统的稳态（定常态）分布。该算法适用于平衡或非平衡稳态，利用了分布在该动力学下的“左”平稳性——即在离散情形下，当概率列向量乘以表示为左随机矩阵的转移矩阵时。第二种过程依赖于表示为行向量的 committor（分裂概率）的“右”平稳性。这些算法无偏，不依赖于计算转移矩阵，且对离散化状态不作马尔可夫假设。在此，我们将这些过程应用于一维双阱势，以及来自 D.E. Shaw Research 的一条 208s 的原子级 Trp-cage 折叠轨迹。
引用
@article{arxiv.2006.09451,
title = {Iterative trajectory reweighting for estimation of equilibrium and non-equilibrium observables},
author = {John D. Russo and Jeremy Copperman and Daniel M. Zuckerman},
journal= {arXiv preprint arXiv:2006.09451},
year = {2020}
}