轨迹非平衡物理的简明导论：理论、算法与生物分子应用
统计力学
2021-11-03 v3
摘要
尽管非平衡统计力学在现代物理及相关领域中十分重要，该主题却常从本科与核心研究生课程中略去。然而，非平衡物理的关键方面可基于严格的轨迹图像以极少的 formalism 得以理解。基本对象是轨迹系综——一组独立演化的系统，易于可视化或模拟（例如蛋白质折叠），并可类比于静态系统构型的系综进行严格分析。轨迹图像为理解首达时间、复杂系统中的“机制”，以及复杂过程表观可逆性的基本约束提供了直接基础。轨迹使扩散与 Fokker-Planck 偏微分方程的物理内涵具体化。最后同样重要的是，轨迹系综支撑了一些最重要的算法，这些算法在蛋白质构象与结合过程的生物分子研究中带来了显著进展。
引用
@article{arxiv.2010.14991,
title = {A gentle introduction to the non-equilibrium physics of trajectories: Theory, algorithms, and biomolecular applications},
author = {Daniel M. Zuckerman and John D. Russo},
journal= {arXiv preprint arXiv:2010.14991},
year = {2021}
}