利用加权系综方法对细胞穿透肽进行自由能分析
生物大分子
2021-12-20 v1 软凝聚态物质
生物物理
摘要
细胞穿透肽（CPPs）已被广泛用作药物递送载体；然而，其如何跨细胞膜转运尚未被充分理解。加权系综（WE）方法是强大且灵活的路径采样技术之一，有助于揭示转运路径及沿这些路径的自由能势垒。在 WE 框架下，我们展示了 Arg9（九聚精氨酸）与 Tat 如何同 DOPC/DOPG（4:1）模型膜相互作用，并给出了穿透的自由能（或力势均值，PMFs）剖面，尽管在当前模拟中未观察到跨膜转运。我们还尝试并比较了两种不同的脂质分子组成。我们的方法可应用于任意 CPPs 与各类模型膜的相互作用，并将提供关于 CPPs 转运机制的有用信息。
引用
@article{arxiv.2112.00507,
title = {Free energy analyses of cell-penetrating peptides using the weighted ensemble method},
author = {Seungho Choe},
journal= {arXiv preprint arXiv:2112.00507},
year = {2021}
}
备注
9 pages, 6 figures (w/ Suppl. Info 5 pages, 3 figures)