线虫动物门中酪氨酸重组酶元件的演化

转座元件可根据其转座机制分为 DNA 元件和 RNA 元件。酪氨酸重组酶元件（YREs）相对罕见且知之甚少，尽管它们兼具 DNA 和 RNA 元件的特征。此前有报道称，线虫动物门（Nematoda）的 YREs 多样性与其他动物门显著不同：Dirs1 类 YRE 逆转录转座子存在于大多数动物门中，但未在线虫动物门中发现；而独特的 Pat1 类 YRE 逆转录转座子仅记录于线虫动物门中。我们通过广泛采样该门并包含代表线虫动物门三个纲的 34 个基因组，探讨了线虫动物门中 YREs 的多样性。我们开发了一种方法，在开放且可重复的工作流程中，基于特征组织和系统发育关系来分离和分类 YREs。我们还确保用于 YRE 分类的系统发育方法能够识别截短和退化的元件，从而有效地增加了采样元件的数量。我们在线虫动物门的 Enoplia 纲和 Dorylaimia 纲中鉴定出了 Dirs1 类元件（此前认为在线虫动物门中不存在），这表明线虫模式物种未能充分代表该门转座元件的多样性。研究发现，线虫动物门的 Pat1 类元件是另一种更广泛存在于动物中的 pat1 类元件的衍生形式。研究发现，广泛用于 YRE 分类的几个序列特征具有同塑性，凸显了建立基于系统发育的分类方案的必要性。线虫模式物种不能代表该门转座元件的多样性。