铜绿假单胞菌中插入序列与基因组重排之间的关系
基因组学
2017-06-27 v1
摘要
在微生物基因组进化过程中，其长度、基因顺序和基因内容发生了不同的变化。研究这些结构重排有助于理解基因组是如何随时间被修饰的。在基因组重排中起重要作用的一些元件被称为插入序列（ISs），它们是广泛存在于原核基因组中最简单类型的转座元件。ISs 可被定义为具有在同一染色体内部或跨染色体移动（剪切与粘贴）至其他位置能力的 DNA 片段。由于其移动能力，它们常被认为应对某些基因组重组负责。本研究的作者考察了这一主张，检验了是否能在插入序列与基因组重排之间发现关联。为实现这一目标，首先设计了一个结合多种工具的新流程，用于检测属于每个 IS 类别的 ORFs 的分布。其次，通过肉眼观察和计算方法，研究了这些预测的 ISs 与两个亲缘关系相近基因组的观察到的重排之间的联系。该方案在 18 个完整的铜绿假单胞菌细菌基因组上进行了测试，得出结论：IS3 家族的插入序列与基因组倒位相关。
引用
@article{arxiv.1706.08119,
title = {Relation between Insertion Sequences and Genome Rearrangements in Pseudomonas aeruginosa},
author = {Huda Al-Nayyef and Christophe Guyeux and Marie Petitjean and Didier Hocquet and Jacques M. Bahi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1706.08119},
year = {2017}
}