TranspoGene与microTranspoGene：转座元件对七种脊椎动物和无脊椎动物转录组的影响
基因组学
2008-11-24 v1 种群与进化
摘要
转座元件是可移动的遗传序列。在真核生物的进化过程中，TEs被插入到活跃的蛋白质编码基因中，影响了基因结构、表达和剪接模式以及蛋白质序列。TEs的基因组插入还导致了新的功能性非编码RNA（如microRNAs）的产生和表达。我们构建了TranspoGene数据库，涵盖了位于七种物种蛋白质编码基因内的TEs：人、小鼠、鸡、斑马鱼、果蝇、线虫和海鞘。根据在基因内的位置，TEs被分为：近端启动子TEs、外显子化TEs（在内含子内的插入导致外显子的产生）、外显子TEs（插入到已有外显子中）或内含子TEs。TranspoGene包含有关TEs特定类型和家族、基因组和mRNA位置、序列、支持转录物登录号以及与TE共有序列比对的信息。该数据库还包含宿主基因特异数据：基因名称、基因组位置、Swiss-Prot和RefSeq登录号、与该基因相关的疾病以及剪接模式。此外，我们创建了microTranspoGene：一个人、小鼠、斑马鱼和线虫中TE来源的microRNAs数据库。对TE插入对真核生物转录组影响感兴趣的研究人员可以使用TranspoGene和microTranspoGene数据库。
引用
@article{arxiv.0811.3513,
title = {TranspoGene and microTranspoGene: transposed elements influence on the transcriptome of seven vertebrates and invertebrates},
author = {Asaf Levy and Noa Sela and Gil Ast},
journal= {arXiv preprint arXiv:0811.3513},
year = {2008}
}