酿酒酵母中转座元件的进化基因组学
种群与进化
2012-12-05 v1 基因组学
摘要
酿酒酵母是研究转座元件基因组学与进化的首要模式系统之一。在其完成后不久，酿酒酵母基因组的可用性便使其五个已知转座元件家族（Ty1-Ty5）获得了许多深入认识。然而，用于分析转座元件的生物信息学工具的后续进步，以及多种酵母菌株和物种基因组序列的最新可用性，推动了对酿酒酵母中 Ty 进化的新调查。在此，基于对 S288c 参考基因组中 Ty 元件的重新注释，我们提供了对酿酒酵母中 Ty 家族的全面系统发育与群体遗传学分析。我们表明，先前的注释工作低估了所有已知家族的 Ty 元件总拷贝数。此外，我们鉴定出一个与奇异酵母 Ty3p 相关的新型 Ty3 类元件家族，该家族完全由退化的独立 LTR 组成。对 LTR 序列的系统发育分析鉴定出三个在长分支、非活性插入中嵌套有短分支、近期活跃分支的家族（Ty1、Ty3、Ty4），一个几乎全由近期活跃元件组成的家族（Ty2），以及两个仅含非活性元件的家族（Ty3p 和 Ty5）。来自另外 38 株酿酒酵母的群体基因组学数据表明，存在于活跃分支中的元件主要是多态的，而大多数非活性元件是固定的。最后，我们利用比较基因组学数据提供证据，表明 Ty2 和 Ty3p 家族是通过水平转移在酿酒酵母基因组中产生的。我们的结果表明，单个体基因组包含了关于物种内 TE 群体动态状态的重要信息，并提示水平转移可能在塑造单细胞真核生物转座元件多样性方面发挥重要作用。
引用
@article{arxiv.1209.0128,
title = {Evolutionary genomics of transposable elements in Saccharomyces cerevisiae},
author = {Martin Carr and Douda Bensasson and Casey M. Bergman},
journal= {arXiv preprint arXiv:1209.0128},
year = {2012}
}
备注
34 pages, 7 figures