基于RAD-seq的酿酒酵母基因组序列多样性与种群结构评估
种群与进化
2015-03-13 v1
摘要
出芽酵母酿酒酵母对人类食品生产至关重要，也是生物学研究的模式生物。全球酵母菌株种群中包含的遗传多样性是遗传学、生物工程以及进化和种群结构研究等多个领域的宝贵资源。在此，我们采用一种多重简化基因组测序策略（称为RAD-seq）对大量酿酒酵母菌株进行基因分型，这些菌株分离自广泛的地理位置和环境生态位。该方法可对所有基因组中相同的1%进行测序，产生跨越262个菌株的116,880个碱基的多序列比对。我们发现这些菌株之间的多样性主要按地理组织，欧洲、北美、亚洲和非洲/东南亚种群定义了遗传变异的主要轴。在更精细的尺度上，来自可可、橄榄和清酒的小群体菌株由其他菌株中不存在的独特变异定义。一个包含来自多种发酵的菌株的种群表现出高水平的杂合性以及欧洲和亚洲种群的等位基因混合，表明该群体具有混合起源。在这种全球多样性的背景下，我们证明实验室常用的七个菌株集合仅包含全部菌株集合中遗传多样性的四分之一，强调了当前实验室菌株所捕获的遗传多样性相对有限。我们提出了一个地理分化后伴随人类介导混合的模型，主要发生在欧洲和亚洲种群之间，以及更近期欧洲和北美种群之间。这里表征的大量基因分型酵母菌株将为广泛的酵母研究人员群体提供有用的资源。
引用
@article{arxiv.1303.4835,
title = {Genomic Sequence Diversity and Population Structure of Saccharomyces cerevisiae Assessed by RAD-seq},
author = {Gareth A. Cromie and Katie E. Hyma and Catherine L. Ludlow and Cecilia Garmendia-Torres and Teresa L. Gilbert and Patrick May and Angela A. Huang and Aimée M. Dudley and Justin C. Fay},
journal= {arXiv preprint arXiv:1303.4835},
year = {2015}
}