超越两两相互作用的基因-基因网络结构

尽管基因-基因相互作用网络对几乎所有生物过程都有直接且重大的影响，其底层结构迄今仅依据成对连接被研究。为此，我们利用结构平衡理论（SBT）探索酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）的基因相互作用网络超越两两相互作用的情形。具体而言，我们探问必需与非必需基因相互作用网络是否在结构上平衡。我们研究加权有符号无向基因网络中的三元相互作用，观察到平衡与不平衡三元组在两网络中分别过表示与欠表示，从而与强平衡概念完美吻合。此外，我们注意到三元组的能量分布在必需与非必需网络中相较于重排网络均显著不同。然而，无论在频率还是能量上，必需网络中的这一差异都更大。另外，结果表明必需基因网络中的三元组通过共享公共连边而更相互连通，而在非必需网络中它们趋于孤立。最后但并非最不重要的，我们研究了全长度有符号游走及其对平衡程度的影响。我们的发现揭示：有趣的是，当考虑更长环时，非必需基因网络相比必需网络更为平衡。