胁迫诱导裂殖酵母相互作用与共表达网络的重塑

网络分析为解读全基因组数据提供了一个强大的框架。虽然静态网络方法已被证明富有成效，但人们对在不同条件下分析细胞网络所获得的见解日益感兴趣。在这项工作中，我们研究了胁迫对裂殖酵母细胞网络的影响。胁迫引发了一种复杂且大规模的细胞反应，涉及资源从细胞生长和代谢向保护和维持的转移。先前的工作表明，这些变化可以在网络层面被观察到。在本文中，我们研究了两种类型的细胞网络：基因共调控网络和加权蛋白质相互作用网络。我们表明，作为对氧化胁迫的响应，共调控网络重组为更具模块化的结构：虽然基因集内部的共调控变得更加紧密，但这些模块之间的共调控却减少了。这种转变导致这些网络中的平均最短路径长度增加、传递性增强以及模块重叠度降低。我们还发现，作为对氧化胁迫和氮饥饿的响应，加权蛋白质相互作用网络也发生了类似的结构变化，这证实并扩展了先前的发现。网络结构的这些变化可能代表了网络鲁棒性的增加和/或更专业化功能模块的出现。此外，我们发现胁迫诱导了非编码 RNA 更紧密的共调控，剪接因子的功能重要性降低，以及涉及染色质组织、细胞骨架组织、细胞分裂和蛋白质周转的基因中心性发生变化。