调控网络与中性空间的连通分量
分子网络
2015-05-13 v1 无序系统与神经网络
摘要
活细胞的功能很大程度上由其调控网络的结构决定，该网络包含调控基因之间的非线性相互作用。对于此类调控系统的稳定性和可进化性而言，一个重要的因素是中性——通常存在大量可产生必要动力学的替代网络结构。在此，我们研究了酵母细胞周期的离散化调控动力学 [Li et al., PNAS, 2004] 以及能够再现该动力学的网络集合，我们称之为功能网络。在这些网络中，经验性的酵母野生型网络在稀疏连接方面接近最优。在点突变（建立或删除单个相互作用）下，功能网络的中性空间分裂为 个分量。其中一个较小的分量包含野生型网络。平均而言，与野生型分量之外的网络相比，从野生型通过突变可达的功能网络更稀疏、具有更高的噪声鲁棒性和更少的固定点吸引子。
引用
@article{arxiv.0904.4843,
title = {Regulatory networks and connected components of the neutral space},
author = {Gunnar Boldhaus and Konstantin Klemm},
journal= {arXiv preprint arXiv:0904.4843},
year = {2015}
}
备注
6 pages, 5 figures