细胞周期基因网络的边使用、模体与调控逻辑
分子网络
2015-06-12 v1 统计力学
摘要
细胞周期是一个受到严格控制的过程，然而其底层基因网络在不同物种间表现出显著差异。其中哪些相关结构特征仅源于施加适当基因表达模式的能力？我们通过计算机模拟考察了所有满足产生特定基因表达序列这一约束的调控网络集合，以探讨这一问题。我们重点关注来自酿酒酵母、裂殖酵母和哺乳动物的三种细胞周期谱。首先，我们表明每个集合中的网络仅使用少数几个被反复作为构建模块重用的相互作用。其次，我们发现在所研究的两种酵母细胞周期系统中，网络模体的富集情况相似。这些模体并不具备自主功能，但它们仍然揭示了一种基于激活相互作用前馈级联的细胞周期调控逻辑。
引用
@article{arxiv.1301.4567,
title = {Edge usage, motifs and regulatory logic for cell cycling genetic networks},
author = {M. Zagorski and A. Krzywicki and O. C. Martin},
journal= {arXiv preprint arXiv:1301.4567},
year = {2015}
}
备注
9 pages, 9 figures, to be published in Phys. Rev. E