人工进化网络与生物网络的模体统计
分子网络
2016-08-11 v2
摘要
基因调控网络的拓扑特征可以通过一个在短动力学吸引子选择下进化的模型种群成功复现。进化后的网络种群展现出由显著性谱（significance profiles）总结的模体统计，这与大肠杆菌（{\it E. coli}）、酿酒酵母（{\it S. cerevsiae}）和枯草芽孢杆菌（{\it B. subtilis}）的特征密切吻合，例如线性模体和前馈环的过剩以及反馈环的缺失。缓慢弛豫至停滞是崎岖适应度景观的标志，独立进化的种群在此景观中探索具有显著不同网络特性的不同山谷。
引用
@article{arxiv.1402.7280,
title = {Motif statistics of artificially evolved and biological networks},
author = {Burçin Danacı and Mehmet Ali Anıl and Ayşe Erzan},
journal= {arXiv preprint arXiv:1402.7280},
year = {2016}
}
备注
7 pages, 9 figures to be published in Physical Review E