生物网络中的局部图对齐与构象搜索
统计力学
2009-11-10 v2 分子网络
摘要
相互作用网络在后基因组分子生物学中具有核心地位，随着高通量方法的不断增加，可获得的数据量也在增长。例如基因调控网络或蛋白质相互作用图。分析这些数据的主要挑战在于从网络的拓扑结构中读取生物功能。拓扑构象，即在网络中在不同位置反复出现的模式，最近被识别为分子信息处理的基本模块。本文讨论的是来自一族相互类似但不一定完全相同的构象。我们建立了一个该构象出现的统计模型，从中推导出其统计显著性评分函数。基于此评分函数，我们开发了一种用于拓扑构象的搜索算法，称为图对齐，该程序与序列对齐具有某些类比。该算法应用于大肠杆菌的基因调控网络。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0308251,
title = {Local graph alignment and motif search in biological networks},
author = {Johannes Berg and Michael Lässig},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0308251},
year = {2009}
}
备注
published version