基因调控中的相干组织：对六个网络的研究

生物网络中进化优化的结构和动力学指纹仍不清楚。我们在此分析了分别负责三种生物或细胞类型的细胞周期与细胞分化调控的基因调控网络的动力学，并表明它们遵循一种我们称之为相干性的赫布规则变体。更确切地说，我们发现具有共同靶标的共表达基因在调控动力学的吸引子上不太可能冲突。然后我们研究了相干性对结构参数（如每节点平均输入数和激活/抑制相互作用比率）以及动力学确定量（如吸引域大小和表达基因数）的依赖性。