布尔网络模型的荟萃分析揭示基因调控网络的设计原理
分子网络
2024-01-19 v2 动力系统
适应与自组织系统
摘要
基因调控网络（GRNs）在细胞决策中扮演核心角色。因此，理解其结构及结构如何影响动力学是一个基本的生物学问题。GRNs 常被建模为布尔网络，其直观、易于描述，且即便数据稀疏也能给出定性结果。我们构建了最大的专家策展布尔 GRN 模型库。对该多样化模型集的荟萃分析揭示了若干设计原理。GRNs 表现出比预期更多的通道化、冗余与稳定动力学。此外，它们富集了某些反复出现的网络模体。这提出了进化为何偏爱这些设计机制的重要问题。
引用
@article{arxiv.2009.01216,
title = {A meta-analysis of Boolean network models reveals design principles of gene regulatory networks},
author = {Claus Kadelka and Taras-Michael Butrie and Evan Hilton and Jack Kinseth and Addison Schmidt and Haris Serdarevic},
journal= {arXiv preprint arXiv:2009.01216},
year = {2024}
}
备注
51 pages, 19 figures, 2 tables