无扰动与含噪广义布尔网络的动力学
适应与自组织系统
2009-09-30 v1
摘要
多年来，我们一直在构建基因调控网络模型，而分子生物学的最新进展揭示了此类高度复杂系统的一些新的结构和动力学特性。在这项工作中，受分子生物学最新发现的启发，我们提出了一种在随机和无标度布尔网络中的新型更新时序。这种更新序列既非完全同步也非完全异步，而是考虑了基因相互影响的顺序。我们使用了Kauffman的原始模型和Aldana的扩展模型，后者考虑了实际基因调控网络已知部分的结构特性，其中度分布呈右偏且长尾。新模型动力学的计算机模拟结果优于原始模型，并在吸引子数量和长度方面显示出生物学上合理的结果。我们通过全面分析系统在瞬态扰动下的稳定性（这是生物网络的定义属性之一）来补充这项研究。结果令人鼓舞，因为我们的模型表现出与先前模型相当甚至通常更好的行为，同时没有丧失布尔网络吸引人的简洁性。
引用
@article{arxiv.0909.5297,
title = {Dynamics of Unperturbed and Noisy Generalized Boolean Networks},
author = {Christian Darabos and Marco Tomassini and Mario Giacobini},
journal= {arXiv preprint arXiv:0909.5297},
year = {2009}
}
备注
29 pages, published