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基因调控网络布尔模型的鲁棒性分析方法

分子网络 2007-05-23 v1 定量方法

摘要

作为遗传调控网络的离散方法,布尔模型提供了基因与蛋白质间相互作用结构的基本定性描述。布尔模型通常假设网络中每个基因或蛋白质仅有两个可能状态(表达或不表达),以及各调控过程间高度同步。本文讨论并比较两种使定性模型纳入调控网络连续时间特征的可能方法。第一种方法在布尔模型中引入异步更新。第二种方法采用L. Glass引入的途径,获得一组分段线性微分方程,连续描述网络中各基因或蛋白质状态。我们将两法应用于特例:黑腹果蝇 Drosophila melanogaster 体节极性基因网络的布尔模型。我们分析模型动力学,并提供模型基因模式预测随各过程时标变化的理论表征。

关键词

引用

@article{arxiv.q-bio/0605004,
  title  = {Methods of robustness analysis for Boolean models of gene control networks},
  author = {Madalena Chaves and Eduardo D. Sontag and Reka Albert},
  journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0605004},
  year   = {2007}
}

备注

29 pages, 8 figures, accepted in IEE Proc. Systems Biology