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鲁棒性降低了生物网络中调控的非线性

分子网络 2024-02-16 v1 动力系统

摘要

基因调控网络等生物网络具有理想的特性,它们比随机网络更具鲁棒性和可控性。这促使人们寻找进化在生物网络中整合的结构和动力学特征。最近一项针对已发表、专家策划的布尔生物网络模型的荟萃分析揭示了几种此类特征,通常被称为设计原则。除其他特征外,生物网络富含某些重复出现的网络模体,其动力学更新规则比预期更具冗余性、偏倚性和 canalizing 性,且生物网络的动力学比可比的随机网络更易于用线性和低阶近似来逼近。由于这些特征大多相互关联,因此厘清因果关系至关重要,即理解进化主动选择哪些特征,从而真正构成进化设计原则。在此,我们表明可逼近性强烈依赖于网络的动力学鲁棒性,并且生物网络中增加的 canalization 几乎可以完全解释其最近被提出的高可逼近性。

关键词

引用

@article{arxiv.2402.09703,
  title  = {Canalization reduces the nonlinearity of regulation in biological networks},
  author = {Claus Kadelka and David Murrugarra},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2402.09703},
  year   = {2024}
}

备注

21 pages, 8 figures