作为有限状态机的生化途径符号动力学
分子网络
2015-07-07 v2
摘要
我们讨论了具有分离时间尺度的生化网络的符号动力学。我们展示了具有分离速率常数的单分子反应网络的符号动力学可以用确定性的、无环的自动机描述，其状态数少于生化物种数。对于非线性途径，我们提出一种通用方法，通过作用于网络亚稳态（系统具有慢动力学的长寿命状态）的有限状态机来近似其动力学。对于具有多项式速率函数的网络，我们提出将亚稳态计算为热带平衡问题的解。热带平衡由每个动态变量的微分方程中至少两个符号相反的主导单项式相等来定义。在代数几何中，热带平衡等价于热带预簇，即热带超曲面的有限交。
引用
@article{arxiv.1504.07833,
title = {Symbolic dynamics of biochemical pathways as finite states machines},
author = {Ovidiu Radulescu and Satya Swarup Samal and Aurélien Naldi and Dima Grigoriev and Andreas Weber},
journal= {arXiv preprint arXiv:1504.07833},
year = {2015}
}