SARS-CoV-2 的结构分析与人互作组预测
生物大分子
2020-04-30 v4 基因组学
分子网络
摘要
病毒基因组的特定元件调控着在宿主细胞内的相互作用。在此，我们计算了超过 2500 种冠状病毒的二级结构含量，并推算了严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 的超过 100000 个人类蛋白质相互作用。我们发现 3' 和 5' 末端是病毒基因组中结构最丰富的元件，且 5' 末端与人类蛋白质结合的趋势最强。编码核苷酸 23000-24000 的域在序列与结构水平上均高度保守，而其上游区域则显著变异。这两段序列编码病毒刺突蛋白 S 的一个域，该域与人类受体血管紧张素转换酶 2 (ACE2) 相互作用，并有可能结合唾液酸。我们的预测表明，5' 末端的前 1000 个核苷酸除其他高置信候选伙伴外，还可与参与病毒 RNA 处理的蛋白质相互作用，例如双链 RNA 特异性编辑酶和 ATP 依赖性 RNA 解旋酶。这些先前报道亦涉及 HIV 的相互作用，揭示了宿主-病毒相互作用的重要信息。SARS-CoV-2 基因组招募的转录与转录后元件列表为与人类细胞中基因表达变化相关的生物学通路提供了线索。
引用
@article{arxiv.2003.13655,
title = {Structural analysis of SARS-CoV-2 and prediction of the human interactome},
author = {Andrea Vandelli and Michele Monti and Edoardo Milanetti and Riccardo Delli Ponti and Gian Gaetano Tartaglia},
journal= {arXiv preprint arXiv:2003.13655},
year = {2020}
}
备注
30 pages, 4 figures