蛋白质适应生物物理模型中进化路径的标度性质

基因型序列空间的巨大规模和复杂性经常需要在经验模型中考虑粗粒化序列。我们开发了标度关系，以量化这种粗粒化对适应度景观和进化路径性质的影响。我们首先考虑简单的富士山型适应度景观上的进化，重点关注进化路径的长度和可预测性如何随粗粒化序列长度和字母表进行标度。我们获得了弱选择和强选择极限下的简单标度关系，并在中等选择强度下存在一个非平凡的交叉机制。我们将这些结果应用于描述蛋白质在维持折叠稳定性的同时进化出新结合相互作用的生物物理适应度景观上的进化。我们将标度关系与粗粒化蛋白质序列的数值计算相结合，以获得该模型在现实结合界面和完整氨基酸字母表下的定量性质。