粗粒化CABS模型中蛋白质的一维结构性质
生物大分子
2016-11-01 v2
摘要
尽管计算能力显著提升，使用经典全原子方法进行蛋白质结构的分子建模仍然效率低下，至少对于生物医学研究关注的大多数蛋白质靶点而言如此。或许克服这一低效问题最成功的策略是多尺度建模，以融合全原子与粗粒化模型。本章描述了一种成熟的CABS粗粒化蛋白质模型。CABS（C-Alpha、C-Beta和侧链）模型采用氨基酸的2-4个联合原子表示、基于知识的力场（源自已知蛋白质序列与结构中观察到的统计规律性）以及高效的蒙特卡洛采样方案（MC动力学、MC复本交换及其组合）。特别强调的是CABS力场的独特设计，其很大程度上利用蛋白质的一维结构性质（包括蛋白质二级结构）来定义。本章还介绍了基于CABS的建模方法，包括用于从头结构预测、蛋白质动力学建模以及蛋白质-肽复合物预测的多尺度工具。基于CABS的工具可在 http://biocomp.chem.uw.edu.pl/tools 免费获取。
引用
@article{arxiv.1511.08097,
title = {One-Dimensional Structural Properties of Proteins in the Coarse-Grained CABS Model},
author = {Sebastian Kmiecik and Andrzej Kolinski},
journal= {arXiv preprint arXiv:1511.08097},
year = {2016}
}