使用非平衡炼金术方法的SAMPL9盲预测
化学物理
2022-05-11 v1 统计力学
生物大分子
摘要
我们展示了针对蛋白质与配体建模统计评估（SAMPL）第九届挑战赛的盲预测，重点关注WP6（羧基柱[6]芳烃）与铵/二铵阳离子客体的结合。宿主-客体结合自由能已使用最近开发的虚拟双系统单盒方法计算，该方法基于对结合与未结合末端态的增强采样，随后进行快速切换非平衡炼金术模拟 [M Macchiagodena, M Pagliai, M Karrenbrock, G Guarnieri, F Iannone, Procacci, J Chem Theory Comput, 16, 7260, 2020]。就皮尔逊与肯德尔系数而言，表现可接受，且总体上优于我们此前在SAMPL宿主-客体挑战赛中为杯芳烃、葫芦脲类开放空腔受体和β-环糊精所提交的结果，证实了非平衡方法用于绝对结合自由能计算的可靠性。然而，与先前提交结果相比，我们发现相当大的平均符号误差，将其归因于通过中性化背景等离子体假设处理有限电荷修正的方式。
引用
@article{arxiv.2202.06720,
title = {SAMPL9 blind predictions using nonequilibrium alchemical approaches},
author = {Piero Procacci and Guido Guarnieri},
journal= {arXiv preprint arXiv:2202.06720},
year = {2022}
}
备注
23 pages, 6 figure and supporting material in a separate SI.pdf file