RNA-RNA 相互作用预测：配分函数与碱基配对概率

本文基于 Alkan 等人 (Alkan et al., J. Comput. Biol., Vol:267–282, 2006) 提出的模型，研究了反义 RNA 与其靶标 mRNA 的相互作用。我们的主要结果是基于紧结构概念推导出配分函数 \cite{Backhofen} (Chitsaz et al., Bioinformatics, to appear, 2009)，并计算了碱基配对概率。本文包含折叠算法 {\sf rip}，该算法可在 $O(N^4M^2)+O(N^2M^4)$ 时间和 $O(N^2M^2)$ 空间内计算配分函数和碱基配对概率，其中 $N,M$ 分别表示相互作用序列的长度。