利用石墨烯揭示 siRNA 解链动力学
生物物理
2015-06-05 v1 软凝聚态物质
统计力学
生物大分子
摘要
利用全原子分子动力学模拟，我们报告了小干扰 RNA（siRNA）在石墨烯上的自发解链和强结合现象。基于色散校正密度泛函理论的计算表明，与 DNA 残基相比，RNA 核苷与石墨烯具有更强的吸引相互作用。这些更强的相互作用迫使双链 siRNA 自发解链并结合到石墨烯表面。解链总是在 siRNA 的一端成核，并在几个碱基对解链后传播到另一端。虽然两端都会解链，但由于扭转约束，中间部分仍保持双链形式。拟合为单指数函数的解链概率分布给出的解链时间（t）为数纳秒量级，且随温度呈指数下降。根据解链时间随温度的变化，我们估算了解链的能垒。
引用
@article{arxiv.1207.4569,
title = {Unraveling siRNA Unzipping Kinetics with Graphene},
author = {Santosh Mogurampelly and Swati Panigrahi and Dhananjay Bhattacharyya and A. K. Sood and Prabal K. Maiti},
journal= {arXiv preprint arXiv:1207.4569},
year = {2015}
}
备注
Accepted in J. Chem. Phys.; 23 pages, 8 figures and supplementary material