RNA-RNA相互作用的靶标预测与统计采样算法

已有研究表明，靶标位点的可及性对miRNA和siRNA具有关键影响。在本文中，我们提出一个程序rip2.0，它不仅基于杂交概率给出能量最有利的靶标位点，还提供统计采样结构，以说明RNA-RNA相互作用结构的玻尔兹曼系综的统计特征和表示。输出结果通过回溯基于Huang等人(Bioinformatics)方法的配分函数改进动态规划解来获取。该$O(N^6)$时间和$O(N^4)$空间算法用C语言实现(可从\url{http://www.combinatorics.cn/cbpc/rip2.html}获取)。