基于信息论增强 RNA 探测数据的方法
生物大分子
2019-09-13 v1 信息论
组合数学
math.IT
基因组学
摘要
识别 RNA 的二级结构对于理解其多样的调控功能至关重要。本文关注如何通过化学探测数据在结构的玻尔兹曼系综中增强目标识别。我们采用信息论方法，通过考虑一种 R\'{e}nyi-Ulam 博弈的变体来解决该问题。我们的框架以系综树为中心，即输入系综的层次化二分划分，通过递归查询目标中是否包含最大信息熵的碱基对来构建。这些查询通过关联局部与全局探测数据来回答，利用了 RNA 二级结构中的模块性。我们指出树的叶子由以高概率展现独特结构的子样本构成。特别地，对于文献中已确立的、融入探测数据的玻尔兹曼系综，我们的框架在叶子中正确识别目标的概率大于 。
引用
@article{arxiv.1909.05744,
title = {On an enhancement of RNA probing data using Information Theory},
author = {Thomas J. X. Li and Christian M. Reidys},
journal= {arXiv preprint arXiv:1909.05744},
year = {2019}
}