带隧穿的分辨率交换方法用于增强蛋白质构象景观采样
计算物理
2022-07-20 v1 生物物理
生物大分子
摘要
蛋白质折叠与蛋白质结合模拟发生的时间尺度比全原子分子动力学模拟通常所能覆盖的大数个数量级。使用低分辨率模型缓解了此问题，但可能降低模拟精度。我们引入一种基于副本交换的多尺度采样技术，将粗粒化模拟中更快的采样与全原子模拟潜在更高的精度相结合。在常用于评估蛋白质模拟采样技术的Trp-cage蛋白模拟中测试了我们的带隧穿分辨率交换（ResET）的效率后，我们使用该方法比较野生型与A2T突变型Abeta 1-42肽的景观。我们的结果提示了一种机制：小的疏水性丙氨酸（A）突变为庞大的极性苏氨酸（T）可能干扰Abeta纤维的原纤维自组装。
引用
@article{arxiv.2110.12546,
title = {Resolution Exchange with Tunneling for Enhanced Sampling of Protein Landscapes},
author = {Fatih Yasar and Alan J. Ray and Ulrich H. E. Hansmann},
journal= {arXiv preprint arXiv:2110.12546},
year = {2022}
}