分辨率交换模拟
生物大分子
2009-11-11 v4 生物物理
摘要
我们以两种方式扩展副本交换模拟，并将我们的方法应用于生物分子。第一种推广允许在不同分辨率的模型之间进行交换模拟——即介于详细模型与粗粒度模型之间。此类“分辨率交换”可应用于分子系统或自旋系统。第二种扩展是“伪交换”模拟，在交换阶梯的大多数层级上几乎不需要 CPU 使用量，并且也大幅降低了对层级之间重叠的需求。伪交换可用于副本交换或分辨率交换模拟。我们对一个 50 原子的肽进行了高效、已收敛的模拟，以说明这些新方法。
引用
@article{arxiv.q-bio/0502014,
title = {Resolution exchange simulation},
author = {Edward Lyman and F. Marty Ytreberg and Daniel M. Zuckerman},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0502014},
year = {2009}
}
备注
revised manuscript: 4.2 pages, 3 figures