采用增量粗粒化的分辨率交换模拟
生物物理
2007-05-23 v2 化学物理
摘要
我们先前开发了一种称为分辨率交换的算法，该算法通过在高分辨率和低分辨率模拟之间交换构象来改进原子分辨率模型的正则系综采样[1]。在此，我们展示了一种普遍适用的增量粗粒化程序，并将该算法应用于一个更大的肽——甲硫氨酸脑啡肽。此外，我们展示了分辨率交换与温度交换的组合，其中较粗的模拟也在升高的温度下进行。两种模拟均以“自上而下”模式实现，以便在不同副本之间有效分配CPU时间。
引用
@article{arxiv.physics/0601093,
title = {Resolution exchange simulation with incremental coarsening},
author = {Edward Lyman and Daniel M. Zuckerman},
journal= {arXiv preprint arXiv:physics/0601093},
year = {2007}
}