用多正则算法预测肽构象：解决多重极小问题的新方法

我们将一种最近发展的方法——多正则算法，应用于肽和蛋白质三级结构预测问题。作为测试算法有效性的简单例子，我们研究了甲硫氨酸脑啡肽，并表明该算法克服了遍历性问题，即多重极小问题。获得的能量最低构象与其他有效方法（如蒙特卡罗模拟退火）确定的结果一致。本方法相对于模拟退火的优势在于，与正则系综的关系保持精确可控。一旦确定了多正则参数，只需一次模拟运行即可获得能量最低构象，而且这一次运行的结果可用于计算任何温度下的各种热力学量。后一点通过计算平均势能和比热随温度的变化得到了证明。