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用于生物分子构象研究的并行回火算法

化学物理 2009-10-30 v1 生物物理 计算物理 q-bio

摘要

研究了一种新算法——并行回火(parallel tempering)在生物分子数值模拟中的有效性。这些分子具有粗糙的能量地形。新方法克服了由此导致的数值模拟中的减速现象。通过对最简单的肽之一——甲硫氨酸脑啡肽(Met-enkephalin)进行高统计量的模拟证明了这一点。发现该新技术的数值有效性远优于传统方法,并可媲美广义系综技术(generalized ensemble techniques)等复杂方法。

关键词

引用

@article{arxiv.physics/9710041,
  title  = {Parallel Tempering Algorithm for Conformational Studies of Biological Molecules},
  author = {Ulrich H. E. Hansmann},
  journal= {arXiv preprint arXiv:physics/9710041},
  year   = {2009}
}

备注

Latex, ps-files included; to appear in Chem. Phys. Lett