反应系统模拟的多种途径
形式语言与自动机理论
2020-08-05 v1 计算工程、金融与科学
摘要
反应系统是一种受生物细胞内发生的生化反应启发而提出的计算模型。它们因其诸多良好的理论性质而一直被并正在被研究。它们也是生化系统有用的建模工具,但为了在领域中有效使用它们,高效且广泛可用的模拟器的存在至关重要。在此我们探讨三种不同的模拟算法与实现,并将其与当前最先进水平进行比较。我们还展示了通过使用精心调优的基于CPU的模拟器,可以在真实系统上获得可与基于GPU的模拟相媲美的性能。
引用
@article{arxiv.1904.07445,
title = {The many roads to the simulation of reaction systems},
author = {Claudio Ferretti and Alberto Leporati and Luca Manzoni and Antonio E. Porreca},
journal= {arXiv preprint arXiv:1904.07445},
year = {2020}
}
备注
Postprint, to appear in Fundamenta Informaticae