基于 Nudged Elastic Band 反应路径优化最佳实践的可重复编排
化学物理
2026-04-17 v1
摘要
Nudged elastic band (NEB) 方法是寻找势能面上最小能量路径和过渡态的标准方法。实际的 NEB 计算需要几个预处理步骤：端点最小化、结构对齐和初始路径生成。这些步骤通常由 ad-hoc 脚本或手动干预处理，引入错误并阻碍可重复性。我们提出了一个完全自动化、开源的 Snakemake 工作流程，用于小气相分子， 将现代机器学习势能 (PET-MAD) 与 eOn saddle point search 软件耦合。计算生命周期的每个步骤都编码为显式依赖图，从模型检索和端点准备到路径初始化和带优化。该工作流程从 conda-forge 解析所有软件依赖，确保跨平台的一致执行。对 HCN 到 HNC 异构反应的验证表明，自动化管道在无需人工干预的情况下恢复已知的单阈能量轮廓和产能。
引用
@article{arxiv.2603.14737,
title = {Reproducible Orchestration of Best Practices for Reaction Path Optimization with the Nudged Elastic Band},
author = {Rohit Goswami},
journal= {arXiv preprint arXiv:2603.14737},
year = {2026}
}
备注
13 pages, 6 figures