利用四元数消除过渡态搜索方法中的外部自由度
化学物理
2015-06-09 v1
摘要
在有限体系（如纳米颗粒和气相分子）中，连接过渡初态与终态的最小能量路径（MEP）计算以及鞍点搜索因整体平移和转动等外部自由度的存在而变得复杂。本文描述了一种基于四元数代数消除外部自由度的方法，并将其应用于两种常用方法的计算中：用于MEP的微移弹性带（NEB）方法，以及用于在一级鞍点最小模式跟随搜索中寻找最小模式的DIMER方法。采用四元数方法后，NEB中准确表示MEP所需的图像数量减少。在有限体系的NEB和DIMER计算中，达到收敛所需的迭代次数均显著减少。相关算法已在开源软件Atomic Simulation Environment（ASE）中实现。
引用
@article{arxiv.1506.02454,
title = {Removing External Degrees of Freedom from Transition-State Search Methods using Quaternions},
author = {Marko Melander and Kari Laasonen and Hannes Jonsson},
journal= {arXiv preprint arXiv:1506.02454},
year = {2015}
}
备注
Quaternion method for removing translations and rotations in NEB and DIMER calculations