重构机械展开模型蛋白的自由能景观
统计力学
2007-10-17 v1 生物大分子
摘要
我们根据非平衡机械展开操作，重构了离格点模型蛋白作为内部（反应）坐标函数的平衡自由能景观。这项任务通过两种独立的方法完成：采用扩展版的 Jarzynski 等式 (EJE) 和蛋白固有序构 (ISs)。在“折叠转变”附近的温度范围内，我们发现通过 EJE 和 IS 方法获得的自由能具有良好的定量一致性。这表明这两种方法是一致的，并且能够复现所研究系统的平衡性质。此外，对于所研究的模型，由拉伸诱导的结构转变可以与折叠的热力学方面联系起来。
引用
@article{arxiv.0705.3256,
title = {Reconstructing the free energy landscape of a mechanically unfolded model protein},
author = {Alberto Imparato and Stefano Luccioli and Alessandro Torcini},
journal= {arXiv preprint arXiv:0705.3256},
year = {2007}
}