通过非平衡随机动力学计算自由能差：反应坐标情形
统计力学
2015-06-25 v2
摘要
通过对非平衡路径进行指数加权（称为 Jarzynski 等式）来计算自由能差的方法，常用于由哈密顿量中外部参数 描述的状态之间的转变。我们在此提出了一种扩展，使用投影布朗动力学来处理由某些反应坐标的不同值定义的状态之间的转变。与其他方法不同，我们使用投影而非约束势来让与反应坐标相关的约束演化。我们展示了如何使用与这些约束相关的拉格朗日乘子来计算与给定轨迹相关的功。提出了适当的离散化方案。一些数值结果证明了该方法在计算自由能差分布中的适用性。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0603426,
title = {Computation of free energy differences through nonequilibrium stochastic dynamics: the reaction coordinate case},
author = {Tony Lelievre and Mathias Rousset and Gabriel Stoltz},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0603426},
year = {2015}
}
备注
23 pages, 4 Figures, 2 Tables