单分子实验的非线性不可逆热力学
生物物理
2016-10-31 v1
摘要
本文给出了受机械性质外部约束力的单分子实验的不可逆热力学。将昂萨格形式体系推广到非平衡外部约束系统的非线性情形，我们得以计算熵产生以及所涉变量的通用非线性动力学方程。特别地，我们分析了RNA拉伸协议的情况，当通过外部手段被迫维持在其自由能景貌的不稳定区域时，获得了不同构象态之间的临界振荡，正如实验中观察到的那样。我们还计算了这些跳跃事件期间产生的熵，并展示了单RNA大分子的拉伸实验中如何可能出现共振现象。我们还利用克莱默方法计算了跳跃速率，与实验取得了良好吻合。
引用
@article{arxiv.1505.05300,
title = {Non-linear irreversible thermodynamics of single-molecule experiments},
author = {I. Santamaria-Holek and N. J. Lopez-Alamilla and M. Hidalgo-Soria and A. Perez-Madrid},
journal= {arXiv preprint arXiv:1505.05300},
year = {2016}
}