ChIP-Seq 数据峰检测的局部极大值多重检验
应用统计
2013-05-29 v1
摘要
针对 ChIP-Seq 数据中转录因子结合位点的检测问题，提出了一种用于峰检测的拓扑多重检验方法。在对基因组上的标签计数进行核平滑处理后，在每个观测到的局部极大值处检验峰的存在性，随后在所需的错误发现率水平下进行多重检验校正。候选峰的有效 p 值是通过平滑泊松序列的蒙特卡洛模拟计算得出的，其背景泊松率是通过线性回归从两个不同尺度的对照样本中获得的。所提出的方法能够识别其他方法未能发现的邻近结合位点。
引用
@article{arxiv.1305.6372,
title = {Multiple testing of local maxima for detection of peaks in ChIP-Seq data},
author = {Armin Schwartzman and Andrew Jaffe and Yulia Gavrilov and Clifford A. Meyer},
journal= {arXiv preprint arXiv:1305.6372},
year = {2013}
}
备注
Published in at http://dx.doi.org/10.1214/12-AOAS594 the Annals of Applied Statistics (http://www.imstat.org/aoas/) by the Institute of Mathematical Statistics (http://www.imstat.org)