介质溶剂模型边界积分格式的混合直接-迭代方法
chem-ph
2008-02-03 v1 化学物理
摘要
本文描述了介质溶剂模型边界积分格式的混合直接-迭代方法。我们给出一个在热力学精度下直接求解具有挑战且高斯-西格尔迭代在罕见但可复现的情况下发散的例子。通过获取迭代矩阵的特征值和谱半径,对此困难进行分析。这表明非收敛性源于对于意外相邻于不同球体上边界单元的边界单元对的矩阵元渐近近似不准确。通过检查边界单元间距离是否小于边界单元典型空间尺度,并对此类单元对执行“线性”蒙特卡罗积分来评估所需的矩阵元可消除此困难。当仅寻求直接求解时,这种困难通常不会出现也未被观察到。最后,我们给出这些方法的一个应用示例,用于水中单硅酸的去质子化。
引用
@article{arxiv.chem-ph/9510002,
title = {Mixed Direct-Iterative Methods for Boundary Integral Formulations of Dielectric Solvation Models},
author = {S. A. Corcelli and J. D. Kress and L. R. Pratt and G. J. Tawa},
journal= {arXiv preprint arXiv:chem-ph/9510002},
year = {2008}
}
备注
to be published in proceeding of the Pacific Symposium on Biomcomputing; latex with sprocl.sty, 17 pages with 3 figures included with psfig