动基体 DNA 在其临界点处是互联环的渗流网络吗？
软凝聚态物质
2015-05-15 v3 生物物理
摘要
在这项工作中，我们对动基体基因组进行了计算研究，将其建模为大量允许相互连接的半柔性无结环。随着 DNA 密度的增加，系统显示出从未连接环的气体到跨越整个系统的互联环网络的渗流转变。在接近渗流转变时，我们发现网络的平均价（即连接到任一环的平均环数）约为 3，这与动基体 DNA 的实验发现一致。更重要的是，通过模拟限制性酶对网络的消化，我们表明寡聚体（即消化后仍保持连接的少数环形成的结构）的分布与凝胶电泳获得的实验数据在定量上吻合，前提是密度再次接近渗流转变。与之前的工作相比，我们的分析基于较少的假设，但仍能完全解释实验数据。我们的发现表明，动基体 DNA 可被视为位于非常接近渗流转变位置的互联环网络，并讨论了这一显著事实可能的生物学意义。
引用
@article{arxiv.1406.0141,
title = {Is the Kinetoplast DNA a Percolating Network of Linked Rings at its Critical Point?},
author = {Davide Michieletto and Davide Marenduzzo and Enzo Orlandini},
journal= {arXiv preprint arXiv:1406.0141},
year = {2015}
}
备注
13p, 5f, merged SI