源自动质体边缘环的线性多链烷烃
软凝聚态物质
2023-06-14 v1 生物物理
摘要
我们使用图论模拟和单分子实验来研究动质体的渗流性质，动质体是来自锥虫寄生虫的拓扑连接线粒体 DNA。一些动质体网络的边缘包含一束冗余连锁的 DNA 环，但先前对动质体拓扑的研究未将其考虑在内。我们的图模拟跟踪晶格中连通分量的大小随节点移除的变化，类似于从动质体中移除小环。我们发现，当考虑边缘环时，网络去渗流后的最大分量是边缘环的残余，之后它经历第二次渗流转变并断裂。这意味着从动质体 DNA 中随机移除小环会分离出大的多链烷烃，这在使用光切割随机破坏来自 Crithidia fasciculata 的动质体的实验中得到了观察。我们的结果表明动质体可用作未来实验中线性多链烷烃的来源。
引用
@article{arxiv.2306.07907,
title = {Linear Polycatenanes from Kinetoplast Edge Loops},
author = {Josh Ragotskie and Nathaniel Morrison and Christopher Stackhouse and Ryan C. Blair and Alexander R. Klotz},
journal= {arXiv preprint arXiv:2306.07907},
year = {2023}
}