基因组学中基于有效独立检验数的方法能否控制族系错误率？
统计方法学
2016-12-22 v2 应用统计
摘要
在全基因组关联（GWA）研究中，目标是检测一个或多个遗传标记与给定表型之间的关联。GWA研究中的遗传标记数量可达数十万量级，因此需要多重检验方法。本文介绍了一组用于校正GWA研究中多重检验的常用方法。这些方法均基于估计有效独立检验数的概念。我们使用模拟数据和来自TOP研究的数据对这些方法进行了比较，并表明除非我们假设局部显著性水平取一个共同值，否则有效独立检验数在独立遗传标记区块上不具有可加性。我们还表明，所综述的基于估计有效独立检验数的方法通常无法控制族系错误率。
引用
@article{arxiv.1612.04535,
title = {Is the familywise error rate in genomics controlled by methods based on the effective number of independent tests?},
author = {Kari Krizak Halle and Srdjan Djurovic and Ole Andreas Andreassen and Mette Langaas},
journal= {arXiv preprint arXiv:1612.04535},
year = {2016}
}
备注
20 pages, 3 figures