全基因组关联研究中协变量自适应的族错误率控制
统计方法学
2020-12-25 v2
摘要
族错误率（FWER）已广泛应用于全基因组关联研究。随着功能基因组数据可用性的提升，利用这些基因组功能注释来提高检测功效成为可能。先前在多重检验中纳入协变量的工作聚焦于错误发现率控制，而协变量自适应的 FWER 控制方法仍发展不足。本文提出一种新颖的协变量自适应 FWER 控制过程，其纳入了可能蕴含统计功效或先验零假设概率信息的外部协变量。我们开发了高效算法以实现所提方法。我们通过扰动型论证证明了其渐近有效性并给出了收敛速率。数值研究表明，新过程比对比方法功效更高，且在不同设定下保持稳健性。我们将所提方法应用于 UK Biobank 数据，分析了 27 个性状，检验了 900 万个单核苷酸多态性的关联。使用了 75 个基因组注释作为协变量。在 27 个性状中，我们的方法比其它方法多检测出 21 个全基因组显著位点。
引用
@article{arxiv.2011.01107,
title = {Covariate Adaptive Family-wise Error Rate Control for Genome-Wide Association Studies},
author = {Huijuan Zhou and Xianyang Zhang and Jun Chen},
journal= {arXiv preprint arXiv:2011.01107},
year = {2020}
}