观测不完备性对蛋白相互作用网络结构性质的影响
分子网络
2009-11-13 v1
摘要
观测到的蛋白相互作用网络结构受到许多假阳性/假阴性连接的污染。这种观测不完备性被抽象为随机连接移除及一种受实验启发的(轮辐式)连接重排。研究了它们对基因复制与突变网络模型结构性质的影响。对于度分布,发现了曲线塌缩,显示对连接移除/重排强度无敏感依赖,且不允许定量提取模型参数。轮辐式连接重排过程使其它结构观测量(如度关联、聚类系数与模体频率)更接近从酵母数据中提取的对应值。这凸显了在将网络结构模型与数据进行定量比较时,必须对观测不完备性进行精确建模。
引用
@article{arxiv.q-bio/0605033,
title = {Impact of observational incompleteness on the structural properties of protein interaction networks},
author = {Mathias Kuhnt and Ingmar Glauche and Martin Greiner},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0605033},
year = {2009}
}
备注
17 pages, 7 figures, accepted by Physica A