配体解离的反应坐标应有多‘湿’？
软凝聚态物质
2016-08-24 v1 化学物理
生物大分子
摘要
我们使用最近提出的方法——序参量谱隙优化(SGOOP) (Tiwary and Berne, Proc. Natl. Acad. Sci 2016, 113, 2839 (2016))，来确定显式水中从口袋解离的巴克球的最优一维反应坐标(RC)。该RC被估计为多个可用序参量的线性组合，这些序参量共同可用于区分与解离相关的各种稳定状态。我们特别关注确定和量化水分子应包含在RC中的程度。使用欠采样偏置模拟的SGOOP，我们预测当配体在空间上受约束沿对称轴移动时，水在解离RC中扮演明显角色。该预测通过元动力学对解离时间的广泛计算，以及通过细致平衡与无偏分子动力学结合时间估计的比较得到验证。然而当去除空间约束时，我们发现水在反应坐标中的作用减弱。此时SGOOP转而识别出涉及各种运动自由度的一个好的一维RC。
引用
@article{arxiv.1605.07090,
title = {How wet should be the reaction coordinate for ligand unbinding?},
author = {Pratyush Tiwary and B. J. Berne},
journal= {arXiv preprint arXiv:1605.07090},
year = {2016}
}
备注
7 pages, 5 figures