grenedalf：面向新一代混池测序的群体遗传统计工具
种群与进化
2025-01-09 v3 基因组学
摘要
混池测序是一种从多个个体捕获全基因组等位基因频率的高效方法，具有广泛应用，例如研究演化与重测序实验中的适应性、监测野生种群的遗传多样性，以及基因型到表型的定位。在此，我们介绍 grenedalf，一个用 C++ 编写的命令行工具，实现了混池测序的常见群体遗传统计如 、Tajima's D 和 FST。它比现有工具快几个数量级，专注于提供可用性和可扩展性，同时提供大量输入文件格式和便捷选项。
引用
@article{arxiv.2306.11622,
title = {grenedalf: population genetic statistics for the next generation of pool sequencing},
author = {Lucas Czech and Jeffrey P. Spence and Moisés Expósito-Alonso},
journal= {arXiv preprint arXiv:2306.11622},
year = {2025}
}